Во время игры «Пузырьки 3» ты будешь заниматься уничтожением молекул при помощи своего танка, состоящего из молекул. Собирая атомы, которые будут оставаться после уничтожения молекул, ты сможешь улучшать свой танк, увеличивая огневую мощь и броню. Для сбора необходимого количества молекул ты будешь путешествовать по клеткам, где тебя будут ждать все новые молекулы. Некоторые из них будут сопротивляться, поэтому будь осторожен.